Републичка пољопривредна инспекција врши инспекцијски надзор у погледу придржавања прописа који се односе на фитосанитарни надзор приликом увоза (заштита здравља биља, средстава за заштиту биља, сјеме и садни материјал, ђубрива и оплемењивачи земљишта), те надзор у унутрашњем промету који се односи на примарну биљну производњу, заштиту пољопривредног земљишта, подстицаје у пољопривреди и руралном развоју и у другим управним подручјима када је то одређено посебним прописом.

У складу са прописаним надлежностима, републичка пољопривредна инспекција контролише:

• квалитет и безбједност пољопривредног репроматеријала приликом увоза,
• производњу, дораду, квалитет и промет сјемена и садног материјала пољопривредног биља,
• производњу, квалитет и промет средстава за заштиту здравља биља,
• здравствену контролу биља у производњи и унутрашњем промету,
• заштиту, уређење и кориштење пољопривредног земљишта,
• законитост добијања и намјенско кориштење подстицајних средстава,
• производња и промет дувана, вина и ракије,
• употребу генетички модификованих организама и
• друге захтјеве прописане законом.