Republička poljoprivredna inspekcija vrši inspekcijski nadzor u pogledu pridržavanja propisa koji se odnose na fitosanitarni nadzor prilikom uvoza (zaštita zdravlja bilja, sredstava za zaštitu bilja, sjeme i sadni materijal, đubriva i oplemenjivači zemljišta), te nadzor u unutrašnjem prometu koji se odnosi na primarnu biljnu proizvodnju, zaštitu poljoprivrednog zemljišta, podsticaje u poljoprivredi i ruralnom razvoju i u drugim upravnim područjima kada je to određeno posebnim propisom.
U skladu sa propisanim nadležnostima, republička poljoprivredna inspekcija kontroliše:
- kvalitet i bezbjednost poljoprivrednog repromaterijala prilikom uvoza,
- proizvodnju, doradu, kvalitet i promet sjemena i sadnog materijala poljoprivrednog bilja,
- proizvodnju, kvalitet i promet sredstava za zaštitu zdravlja bilja,
- zdravstvenu kontrolu bilja u proizvodnji i unutrašnjem prometu,
- zaštitu, uređenje i korištenje poljoprivrednog zemljišta,
- zakonitost dobijanja i namjensko korištenje podsticajnih sredstava,
- proizvodnja i promet duvana, vina i rakije,
- upotrebu genetički modifikovanih organizama i
- druge zahtjeve propisane zakonom.